Cần Thơ giữ vai trò là trung tâm y tế trọng điểm của vùng đồng bằng sông Cửu Long. Các cơ sở y tế tuyến Trung ương và bộ ngành (như: Bệnh viện Đa khoa Trung ương Cần Thơ, Bệnh viện Nhi đồng và Bệnh viện SIS) không chỉ phục vụ người dân thành phố mà còn khám, điều trị cho một lượng lớn bệnh nhân từ các tỉnh, thành lân cận.